Хронология комиксных событий (что было до основного сюжета)
Май 2007 года. (Дорога к Гражданской Войне)
По всей планете прокатывается череда терактов с непосредственным участием мутантов и людей со сверхспособностями. Взрыв в Стэмпфорде уносит сотни жизней; Халк разрушает один из районов Нью-Йорка. В архивах правительства США впервые фигурирует документ с названием «Акт о регистрации людей со сверхспособностями».
Июнь 2007 года. (Дорога к Гражданской Войне)
На базах «Оружия Икс» начинается разработка вооружения, направленного против мутантов. Под давлением обстоятельств Тони Старк вынужден принять про-регистрационную сторону назревающего конфликта. Люди Икс заключают соглашение с правительством США и ЩИТом о сохранении нейтральной позиции в возможной Гражданской Войне; взамен они получают право не принимать участия в Регистрации.
Июль 2007 года. (Дорога к Гражданской Войне)
Тони Старк созывает экстренное собрание представителей всех возможных сверхчеловеческих команд и организаций. На собрании присутствуют: Виктор фон Дум, Рид Ричардс, Джеймс Хоулетт, Кэрол Денверс, представители Клуба Адского Пламени. Рид Ричардс высказывается в поддержку Акта. Человек-Паук в знак поддержки Акта в прямом эфире раскрывает свою тайну личности.
Август 2007 года. (Гражданская Война)
Акт о Регистрации принят официально; в Нью-Йорке открываются первые пункты Регистрации, в которых все мутанты должны немедленно пройти все соответствующие процедуры и быть занесены в общую Базу Данных Людей со Сверхспособностями. Начинаются первые серьёзные конфликты между зарегистрированными и незарегистрированными мутантами. Начинается строительство «Тюрьмы 42» в Негативной Зоне.
Ноябрь 2007 года. (Гражданская Война)
Противостояние принимает серьёзные обороты. В команде Мстителей происходит раскол, в ходе которой часть супергероев под предводительством Капитана Америка уходит в подполье, откуда собирается вести борьбу с Регистрацией. Мутанты по всей Америке разделяются на два лагеря: тех, кто поддерживает Акт и тех, кто ему сопротивляется. Начинается Гражданская Война. Правительство запускает программу «Инициатива 50-ти штатов». За проявление преступной халатности Тони Старк смещается с поста директора ЩИТа; его кресло занимает Мария Хилл. Братство Мутантов совершает атаку на Авианосец ЩИТа; в ходе конфронтации заключенные, пребывавшие на базе, сбегают. Человек-Паук официально объявлен в розыск по обвинению в пособничестве Капитану Америка.
Декабрь 2007 года. (Гражданская Война, Тайные Мстители)
После сражения Мстителей и Тайных Мстителей на Бруклинском Мосту, унесшем сотни жизней мирных граждан, Капитан Америка сдаётся властям, положив конец Гражданской Войне. Часть супергероев покидает место сражения и продолжает вести борьбу. Капитан Америка заключен под стражу; большая часть героев, выступавшая на его стороне отправлена в Негативную Зону.
2008 год. (Гражданская Война, начало Тёмного Правления)
Не смотря на редкие столкновения с силами сопротивления, Акт о Регистрации оказывается принят повсеместно, число зарегистрированных превышает все ожидания. Однако в ходе выяснения некоторых обстоятельств, Мария Хилл оказывается смещена с поста директора, а на её место назначен Норман Озборн. Первым же нововведением становится расформирование Мстителей и созыв новой команды, состоящей преимущественно из сторонников Озборна: Венома, Пересмешницы, Дакена и других злодеев, выдающих себя за новых Мстителей. Большинство из супергероев, предвидя охоту на них, вынуждены уйти в подполье, объединившись с бывшими врагами - Тайными Мстителями. Тони Старк, Мария Хилл и многие другие официально объявлены в розыск и являются преступниками номер один во всем мире.
Февраль 2008 года. (Тёмное Правление, Комплекс Мессии)
Тони Старк инициирует первые протоколы, уничтожающие единственную имеющуюся Базу Данных на людей со сверхспособностями, которая находится в его голове и пускается в бега. Люди Икс лишены права на неучастие в Регистрации и объявлены вне закона. Озборн формирует команду новых Людей Икс, также состоящую из его союзников.
Между тем происходит беспрецедентное событие - впервые со Дня М рождается ребёнок-мутант, которого сразу похищает прибывший из будущего Кейбл Саммерс. Люди-Икс, Мародёры и Очистители искали ребёнка. Это столкнуло Кейбла с Бишопом, одержимым идеей убить Мессию, Людьми-Икс и новой Силой-Икс. В конце концов, Кейбл убедил Циклопа дать ему отправиться с девочкой в будущее. Даже в будущем Бишоп смог выследить их, но Кейбл сбежал не без помощи Сэма Гатри.
Апрель 2008 года. (Тёмное Правление)
Попытки открыто сопротивляться новому режиму становятся всё сложнее. Тайные Мстители вынуждены прятаться и вести информационную борьбу, в надежде раскрыть истинное лицо нового Большого Босса Америки. Люди Икс перебираются на Утопию и объявляют её отдельным государством, открытым для любого мутанта.
2008 - начало 2010 года. (Тёмное Правление, Осада, Эра Героев)
Норману Озборну, теперь более известному как Железный Патриот, удаётся настичь Тони Старка, но прежде тот успевает стереть все данные со своего мозга. Подавляя все возможные атаки, направленные против него, Озборн, при поддержке Часового и Капюшона, объявляет войну Асгарду и вторгается на его территорию в надежде захватить её. Не смотря на многочисленные столкновения и превосходство сил на стороне Озборна, объединенным силам всех героев удается отразить нападение Озборна, Темных Мстителей и Людей-Икс на Асгард. Во время Осады Норман Озборн терпит сокрушительное поражение и оказывается заключен в тюрьму вместе с большинством своих сторонников. Должность директора ЩИТа переходит Капитану Америка, наиболее отличившемуся во время противостояния. Акт о Регистрации официально аннулирован и все герои наконец-то спокойно могут продолжать заниматься тем, чем занимались - спасать людей.
2012 год. (Второе Пришествие)
Когда Натан и Хоуп прибыли в настоящее время, оказалось, что Институт Ксавьера разрушен, а Люди-Икс уехали. Тогда-то Бастион решил уничтожить Хоуп и оставшихся мутантов. Он отправил Лигу Людей уничтожить девочку и Кейбла, но им помешала Сила-Икс, отправленная Циклопом на помощь сыну. Несмотря на старания Лиги и вмешательство Бастиона, Хоуп была доставлена в Утопию невредимой. Однако это стоило жизни Ночному Змею, пожертвовавшему собой, чтобы спасти девочку от Бастиона.
Продолжая попытки уничтожить мутантов, Бастион окружил Утопию и часть Сан-Франциско практически непроницаемым энергетическим куполом, а затем осадил мутантов с помощью армии Часовых класса Нимрод. Пока Циклоп сражался за будущее мутантов, он отправил Кейбла, Силу-Икс и Дага Рэмси в будущее, чтобы прервать создание Часовых и не дать Нимродам набрать силу. Кейбл согласился и использовал последний возможный скачок во времени, чтобы вместе с командой отправиться в будущее.
Кейблу и Силе-Икс удалось обезглавить силы анти-мутантов, остановив создание Нимродов и нейтрализовать тем самым прорвавшихся в Сан-Франциско роботов. Однако команда узнала, что единственный временной портал не может быть преодолён органической материей, т.е. людям или мутантам пройти через него не получится. Тогда Натан решил пожертвовать собой, чтобы спасти друзей. Он позволил техно-органическому вирусу победить. Теперь будучи почти не органическим, Кейбл смог открыть портал, позволив друзьям пройти через него.
Хоуп уничтожила Бастиона и разорвала купол над Сан-Франциско с помощью проявившихся во второй раз способностей.
2013 год. (Люди Икс: Раскол)
По всей Америке нарастают анти-мутантские настроения. Происходит несколько терактов, направленных на компрометацию Людей Икс, однако остаётся неизвестным, кто их спонсирует. В ходе выступления Скотта Саммерса на собрании «По вопросам контроля вооружения» в Швейарии большое количество американских чиновников подвергаются нападению мутанта Омеги Парня, который путём мощного психического воздействия заставляет их признаваться в самых грязных тайнах в прямом эфире. Омега Парню удаётся скрыться; при попытке покинуть собрание, на Циклопа и Росомаху нападают Стражи. Люди Икс подвергаются атаке неизвестных, во время открытия музея, посвященного истории мутантов. Не смотря на то, что всех нападавших пришлось убить, жертв среди гражданских не было и Людям Икс удаётся вернуться на Утопию, которая, однако, подвергается нападению Стража нового поколения. Совместными усилиями детей и преподавателей Людям Икс удаётся одержать победу, но вскоре команда раскалывается на две части: Росомаха покидает Утопию вместе с несколькими другими преподавателями и учениками и открывает Высшую Школу имени Джин Грей на месте разрушенного Института Ксавье для одаренных детей, где все студенты смогут спокойно учиться, не боясь быть уничтоженными. Часть мутантов под предводительством Циклопа остаётся на Утопии. Между тем над человечеством нависла новая угроза - Феникс возвращается на Землю.
Конец 2013 - начало 2014 года. (Мстители против Людей Икс)
Циклоп вместе с доверившимися ему мутантами видит в этом спасение для расы мутантов, которая за последние года пришла в упадок и вот-вот может и вовсе исчезнуть с лица Земли. Однако, Мстители не разделяют его оптимизма; для них Феникс - угроза, которую необходимо устранить. Попытка захватить на Утопии Хоуп Саммерс - единственный возможный сосуд для Силы Феникса - успехом не увенчалась; между Мстителями и Людьми Икс начинается жесткое противостояние, в ходе которого Хоуп Саммерс совершает побег, самонадеянно решив, что ей вполне по силам принять Силу Феникса. Тони Старк и другие Мстители создают робота, который должен уничтожить Феникса на подлете к Земле, но попытка заканчивается провалом: Сила Феникса раскалывается на несколько частей, которые "вселяются" в носителей: Циклопа, Эмму Фрост, Ульяну Распутину, Нэмора и Колосса. Они начинают перекраивать планету на свой лад, желая создать идеальный мир. Однако, правительство США не согласно с их планами и просит Мстителей разобраться с этой проблемой. Фениксы объявляют охоту на Мстителей, в ходе чего Нэмор уничтожает государство Ваканду. В ходе сражений героям удаётся избавиться от 4 Фениксов, но их сила переходит к последнему носителю - Циклопу, сделав его едва ли не самым могущественным существом во Вселенной. Силы неравны и Мстители решаются на последний отчаянный шаг - попытку победить Феникса совместными усилиями магии Ванды Максимофф и силами Хоуп Саммерс. Чарльз Ксавье погибает в попытке остановить бывшего ученика. В ходе финальной битвы им удаётся уничтожить Феникса, сила которого в последний момент распыляется по всей Земле. Циклоп оказался прав - благодаря этому на планете вновь начинают появляться мутанты.